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Negli ultimi decenni il settore agricolo colombiano è stato colpito da una profonda crisi, ma i governi che si sono succeduti hanno ritenuto che fosse possibile uscire dall'arretratezza solo modernizzandola con una produzione più industriale secondo standard di produttività, efficienza e competitività. Si è insistito - e lo si fa a tutt'oggi - sul fatto che la produzione contadina sia inefficiente e non soddisfi i requisiti di qualità e salute del mercato globale, ignorando che l'agricoltura contadina sia più sostenibile, efficiente e resistente alle crisi climatiche e che attualmente fornisce circa il 70% dell' alimentazione base.
Negli anni '90 il Paese era autosufficiente nella produzione alimentare, ma dopo l'apertura economica e la firma degli Accordi di libero scambio, gran parte dell'agricoltura nazionale è andata perduta e le importazioni sono aumentate progressivamente, soprattutto dagli Stati Uniti. La Colombia nel 2021 ha importato più di 14 milioni di tonnellate di alimenti, che corrisponde a più del 35% del fabbisogno alimentare del Paese (solo per fare un esempio, il 95% di soia e l'85% di mais per il consumo nazionale).
L'attuale domanda nazionale di mais è di circa 6,7 milioni di tonnellate, soprattutto mais giallo, ma la produzione nazionale è di soli 1,3 milioni di tonnellate, creando un gap di 5,4 milioni di tonnellate che vengono importate per l'industria dei mangimi e dell'uomo. La produzione di questo mais è sovvenzionata negli Stati Uniti, quindi ha un prezzo inferiore rispetto al mais nazionale, con controlli tariffari e dazi di importazione molto bassi. Questo mais è per lo più transgenico, di bassa qualità, e i controlli fitosanitari e le valutazioni di biosicurezza sono molto precari. Questa situazione ha reso impossibile la produzione nazionale e gli agricoltori hanno abbandonato le loro coltivazioni.
Nel 2019 nel Paese sono stati piantati 386.432 ettari di mais, di cui 212.067 mais tecnificato e 174.373 mais tradizionale. Oggi la coltivazione del mais continua ad essere quasi interamente da parte di persone che producono su piccola scala, poiché il 60% ha fino a 10 ettari, il 30% sono medie e solo il 10% sono grandi, in totale 390.000 famiglie coltivano mais. In Colombia, entro il 2021, sono stati piantati in totale 150.451 ettari di colture transgeniche, corrispondenti a 142.975 ettari di mais GM e 7.464 ettari di cotone GM. La coltivazione del mais transgenico è stata approvata nel 2007 e la sua superficie è cresciuta enormemente negli ultimi anni. I 
dipartimenti con la maggiore superficie coltivata a mais transgenico erano il Meta con 52mila 134 ettari; Tolima con 38 mila 913; Cordoba con 19 mila 228; Valle del Cauca con 13.800 e Cesar con 7.325.
Nelle regioni in cui è stabilita l'agricoltura tecnificata, in Altillanura, Tolima, Huila, Córdoba e Valle del Cauca, i grandi e medi agricoltori affermano che la coltivazione del mais transgenico con tecnologia di tolleranza agli erbicidi (HT) per loro ha funzionato bene. Affermano di aver ridotto l'impiego di manodopera e i costi per il controllo delle erbe infestanti e di ottenere una maggiore redditività rispetto alle colture con ibridi convenzionali, anche se in generale l'applicazione di erbicidi è aumentata e sono emersi infestanti resistenti agli erbicidi. Per quanto riguarda il mais con tecnologia Bt, gli agricoltori sottolineano che in generale non funziona bene, poiché i parassiti hanno acquisito resistenza alla tossina Bt e i coltivatori devono effettuare due o tre applicazioni aggiuntive di insetticidi, rendendo questa tecnologia inefficiente.
In diverse regioni del Paese chi coltiva mais transgenico ha avuto notevoli perdite economiche, come la situazione nei dipartimenti di Tolima nel 2014 e di Huila nel 2016, dove le persone hanno perso tra il 75% e il 90% del raccolto, sebbene i contadini abbiano presentato denunce e reclami davanti all'ICA e alle società sementiere, questi enti non hanno risposto e hanno invece accusato la gente del fallimento, dovuto alla "gestione inadeguata della tecnologia", e hanno anche attribuito il fallimento alle condizioni meteorologiche avverse. Negli ultimi anni, coloro che coltivano mais transgenico nel dipartimento di Córdoba, affermano che queste colture non funzionano bene e che non potrebbero vendere bene il loro raccolto, quindi la superficie coltivata è diminuita drasticamente.
Nelle regioni dove predomina l'agricoltura contadina e indigena, la maggioranza dei contadini produttori di mais ritiene che il
transgenico non sia compatibile con le condizioni ambientali, culturali e socioeconomiche e con le loro forme tradizionali di coltivazione. La più grande preoccupazione delle comunità è che queste colture transgeniche stiano contaminando e danneggiando i loro semi nativi e la loro sovranità alimentare. Nel paese diverse riserve indigene hanno dichiarato i loro territori liberi da transgenici (nel 2005 a Córdoba e Sucre il popolo Zenú e nel 2008 a Riosucio, Caldas il popolo Embera). Sempre nel 2018 il comune di San Lorenzo, Nariño si è dichiarato libero da colture transgeniche.
La Colombia è uno dei centri più importanti al mondo rispetto alla diversità del mais. Nel paese ci sono 34 razze autoctone e centinaia di varietà creole. Le comunità che proteggono questa diversità di mais autoctono temono che, una volta che le colture transgeniche saranno rilasciate nei loro territori, si verificherà inevitabilmente la contaminazione genetica della diversità di semi autoctoni, che può verificarsi a causa di incroci con colture transgeniche vicine o attraverso il convenzionale mercato dei sistemi di sementi. Dopo quindici anni di semina di mais OGM su tutto il territorio nazionale, in diverse regioni si registrano numerose testimonianze di contaminazione genetica di ecotipi di mais presenti nei territori indigeni e contadini.
Da diversi anni organizzazioni contadine e indigene e reti di sementi effettuano test tecnici per identificare possibili contaminazioni genetiche di semi di mais creolo nei loro territori e anche di semi commerciali non GM venduti nelle loro regioni. I risultati di questi test mostrano che in diverse regioni i semi autoctoni e il sistema di sementi commerciali sono già stati contaminati. Nel 2021, l'Alleanza per l'Agrobiodiversità, insieme a quattro organizzazioni indigene d
ei dipartimenti di Tolima, Huila, Cauca e Córdoba, ha effettuato test per determinare la possibile contaminazione del mais nei territori indigeni. I risultati ottenuti sono stati particolarmente critici a Tolima, dove su 20 varietà di ecotipi valutate, 10 erano contaminate da eventi Bt e RR, e in Huila di 32 varietà 6 hanno mostrato contaminazione. La contaminazione è stata trovata in diversi semi certificati non transgenici. Queste comunità, dopo aver evidenziato la contaminazione dei loro semi, hanno adottato misure per promuovere il recupero, la cura e il controllo dei loro ecotipi. Hanno anche intentato un'azione legale (Tutela) che cerca di costringere le autorità ad attuare misure per controllare la contaminazione del mais autoctono nelle riserve ed esigere misure per risarcire i danni.
Nel 2019 e nel 2020, al Congresso della Repubblica è stato elaborato un progetto di atto legislativo che modifica l'articolo 81 della Costituzione politica della Colombia in modo da vietare l'ingresso, la produzione, la commercializzazione e l'esportazione di semi transgenici nel paese, per proteggere l'agrobiodiversità come un bene comune dei popoli. Questa riforma costituzionale ha incontrato una forte opposizione da parte dell'industria biotecnologica e del governo nazionale, motivo per cui non è stata approvata. Le organizzazioni sociali sperano che il nuovo governo colombiano presenti le condizioni per gestire nuovamente questo progetto.
Nell'ambito degli obblighi e delle azioni che lo Stato colombiano dovrebbe adottare in merito alle tecnologie transgeniche, le sementi dovrebbero essere riconosciute e dichiarate beni comuni dei popoli, libere da ogni forma di proprietà intellettuale. Abrogate le leggi sulle sementi che le privatizzano e consentono il controllo corporativo e che criminalizzano le sementi contadine. Vietare le colture
transgeniche e abrogare lo standard di biosicurezza che non ha permesso di garantire la sicurezza di queste tecnologie. Rinegoziare gli accordi di libero scambio che impongono la proprietà intellettuale sulla biodiversità e sostituire l'importazione di prodotti transgenici con la produzione nazionale con un approccio agroecologico. Riconoscere il diritto dei popoli, delle comunità e degli enti territoriali a dichiarare i propri territori liberi da transgenici.
Per proteggere i loro beni comuni e i loro territori, le organizzazioni sociali e locali realizzano azioni che consentono loro di garantire e mantenere il controllo dei propri semi, dei saperi ancestrali e dei mezzi di sostentamento, che ha permesso loro di continuare a camminare mano nella mano con le donne e gli uomini e continuano a moltiplicarsi e a circolare attraverso reti di scambio e di solidarietà. Ciò su cui le comunità hanno chiaro è che il giorno in cui perderanno il controllo di questi beni comuni e conoscenze comunitarie, saremo intrappolati nelle fauci di coloro che vogliono imporre queste tecnologie e un unico modo di produrre e consumare alimenti.